纯文本:文献管理的终极之道

来自 赵鹏 | February 1, 2019

凌厉刚猛,无坚不摧,弱冠前以之与河朔群雄争锋。

紫薇软剑,三十岁以前所用。

重剑无锋,大巧不工,四十岁以前持之横行天下。

四十岁后,不滞于物,草木竹石均可为剑。自此精修,渐进于无剑胜有剑之境。

——《神雕侠侣》

前些天,一位朋友很气愤地对我说:

Endnote 为什么堕落成为了一个流氓软件?卸载后插件依然捆绑,我从 Word 里的工具——宏和模板的选项里删除了它,又从 Office 的系统文件夹,startup 里删除了捆绑命令,它还是时不时跳出来说,打不开 Endnote 呀。而且我愤怒地发现,我刚删掉的加载项,竟然它自己又加上去了……

我回复:

你为啥不考虑用一下 R Markdown?

答曰:

因为懒得接受新事物……

上回使用 Endnote ,还是做研究生的时候,当时没有别的选择,Endnote 是文献管理的霸主,同时也的确好用,可谓“凌厉刚猛,无坚不摧”。

后来拒绝盗版,读博士时改用免费的 zotero,就像一把“紫薇软剑”。

这种状况持续到熬博士论文,沉浮在参考文献的深渊里苦苦挣扎,只能放弃 zotero,被 JabRef 救了出来。从那时到现在,我一直用 JabRef + bib 的文献管理方案,觉得这就是“重剑无锋,大巧不工”。

这些体会,我在 2013 年写进了一篇博客里。

这把重剑,最近出了点问题,那就是移动设备:原先台式机和笔记本上能做的很多事情,都挪到手机和平板电脑这种移动设备上了,而 bib 文件在移动设备上该怎么浏览?

我找到的方案不太完美,但能打 90 分。

那就是 Mendeley。

Mendeley PC, IOS 和 Android 都可以免费使用,云端同步。虽然它不能直接打开 bib 文件,然而它可以 (1) 导入 bib 文件,(2) 同步生成一个 .bib 文件,方法是:

Mendeley - Tools - Options - BibTeX - Enable BibTeX Syncing

同时还要取消勾选 Escape LaTeX special characters,让 LaTeX 的格式符号保留,这样,在用 LaTeX 编译你的文稿时,不会丢失应有的格式。

如果在 PC 甲和 PC 乙上都安装 Mendeley 并同步,会有个坑,容易坑到人:新安装的 Mendeley 会从云端将关联的 pdf 文件下载下来,并重新命名。

这本身是体贴之举,然而坑到了我,因为我 PC 甲的文献库里关联的 pdf 文件都是以 ”一作+年代“命名的,例如 zhao2017.pdf。这样命名的好处是在 listary 里容易定位。现在,被 Mendeley 重新命名后,我的 pdf 库在 PC 乙重复出现了一份。

这个坑的解决方法,是 PC 乙不要从云端同步,而是在 PC 甲的 Mendeley 里选择 Help - Create Backup,得到一个备份文件。在 PC 乙里选择 Help - Restore Backup,就可以了。

这样,就等于用 Mendeley 来维护 bib 文献库和 pdf 文档,核心仍然是 bib,而陪伴我六七年的 JabRef 可以作为备用方案。万一哪天 Mendeley 黄了呢?

bib 其实是纯文本文件,所有文本编辑器都可以打开它,而 JabRef 只是个壳,方便浏览和编辑 bib。他俩就像 R 代码跟 RStudio 的关系。万一 哪天 JabRef 黄了呢,也没关系,R 语言有 RefmanageR 包可以处理 bib 文件。

昨天,一个朋友跟我抱怨,用某款软件作图,鼠标点点点点做出来了。后来想重做,发现做不出来一模一样的,因为忘了最初是怎么点的了。每到这个时候我就会想,能不能用纯文本作为替代方案。因为,纯文本这个利器,就属于"不滞于物,草木竹石均可为剑,无剑胜有剑"。

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